Introduction
Les micro organismes sont une composante essentielle de tout écosystème, ils occupent des micro-habitats spécifiques convenant à leurs besoins. Dans ces micro-habitats, les micro organismes ont établi différents types de relations entre eux et avec d'autres organismes, ils affectent ou non, positivement ou négativement, le développement des autres membres de la communauté biotique. Les micro organismes Ils sont donc nécessaires aux fonctionnements des écosystèmes telluriques et aquatiques, qui peuvent accomplir des tâches aussi importantes que méconnues indispensables au bon fonctionnement des cycles biogéochimiques de la matière, comme la transformation des déchets, l'oxydation, la réduction, la précipitation et la solubilisation des ions minéraux, la production des composés organiques, la fixation de l'azote moléculaire, ...etc.
Dans l'environnement, les micro organismes jouent le rôle de producteurs ou de décomposeurs. Les germes producteurs sont photolithotrophes ou chimiolithotrophes. Ils tirent leur énergie de la lumière ou des composés inorganiques et synthétisent des matières organiques, en raison de ces propriétés, ils constituent le point de départ de nombreuses chaînes alimentaires. Les micro organismes décomposeurs sont chimiolithotrophes. Par leurs activités métaboliques, ces derniers dégradent les matières organiques en matières minérales. Ce recyclage permanent entretient la vie en rendant les éléments nutritifs constamment disponibles bien qu'ils soient en quantités limitées dans l'environnement (1).[1]
A partir de la microbiologie environnementale, les chercheurs ont développé des applications tendant à utiliser des micro organismes dans les différents domaines d'intérêt de l'homme : industrie agro-alimentaire, pharmacologie, agriculture bio remédiation, épuration des eaux usées...etc. C'est ce que nous allons développer dans ce document.