Conclusion
Les rapports qui peuvent exister entre les bactéries, d'une part, et les substances organiques présentent dans la biosphère d'autre part, peuvent évoluer dans un sens favorable ou défavorable.
Les micro-organismes présents dans le sol en quantité appréciable et jouent des multiples fonctions essentielles à l'équilibre de la planète et constituent un maillant vital de tout milieu vivant, les associations symbiotiques des bactéries et des légumineuses constituent un exemple remarquable de ces effets bénéfiques.
A l'inverse, certains micro-organismes du sol peuvent jouer un rôle néfaste en parasitant les espèces végétales et en provoquant des altérations, parmi ces bactéries ; Agrobacterium tumefaciens est responsable de tumeurs (crown galls) bien connues horticulteurs. Les Erwinia produisent des nécroses, des ramollissements, des pourritures chez certaines plantes ou sur des fruits. C'est aussi le cas des champignons phytopathogènes, de virus (mosaiique du tabac).