La microflore du sol (principaux groupements)
Une seule particule de sol peut contenir de nombreux micro*environnements différents et peut ainsi favoriser la croissance de plusieurs types physiologiques de micro-organismes. En général, le sol peut abriter 5 grandes classes de micro*organismes : bactéries, mycètes, algues, protozoaires, virus.
1- Les bactéries : elles sont ubiquitaires et elles présentent une population très abondante dans le sol, leur activité est principalement concentrée dans les premiers centimètres du sol. On trouve quatre principaux groupes dans le sol : les eubactéries, les bactéries ferrugineuses filamenteuses, les bactéries sulfureuses, les myxobactéries.
• Les eubactéries : sont classées en 4 groupes selon la source d'énergie utilisée (énergie lumineuse ou réactions redox) et la nature du donneur d'électron (organique ou minéral):
* les photolithotrophes : exemple : algues, cyanobactéries (sont rares dans le sol).
*les photoorganotrophes : exemple : Rhodopseudomonas (rares dans le sol).
*les chimiolithotrophes (peu abondant dans le sol) : bactéries nitrifiantes (Nitrosomonas, Nitrobacter) et les bactéries dénitrifiantes (Pseudomonas et Bacillus).
*les chimio-organotrophes qui constituent la majorité des microorganismes telluriques : parmi les bactéries les plus abondantes sont Arthrobacter, l'habitat majeur de ces derniers est le sol, ils sont adaptés à cette niche écologique car ils sont très résistants à la dessiccation (sécheresse) et au manque de nourritures, ils sont caractérisés par un épuisement enzymatique très perforant pouvant même dégrader des pesticides. Le développement de ce genre est caractérisé par une alternance entre la forme bacillaire et cocoide. En phase de croissance exponentielle se sont les bacilles irréguliers et ramifiés qui se divisent par cassure, en phase stationnaire, les cellules prennent la forme cocoides, lorsque ces bactéries sont transformées sur un nouveau milieu, les cocoides produisent les excroissances et de nouvelles formes de batônnets en croissance active.
• les bactéries ferrugineuses filamenteuses : elles se caractérisent par la présence d'une gaine qui entoure les cellules en chaînes. Elles se colorent en jaune rouille sous l'influence de l'oxydation du fer ferreux (Fe2+) contenu dans le milieu.
• Les bactéries sulfureuses filamenteuses : Organismes filamenteux, capables de mouvement de glissement (ressemblent aux cyanobactéries). Leur habitat est sensiblement le même que celui des bactéries ferrugineuses avec lesquelles elles sont fréquemment associées. Elles en diffèrent par l'oxydation des formes réduites du soufre (H2S) en soufre élément (S), puis en sulfures.
• Myxobactéries : sont des bacilles à Gram négatif, glissantes et extrêmement flexibles se diffèrent des bactéries par : Leur mobilité très particulière (glissement) et La flexibilité due à la finesse de leur paroi cellulaire. Elles sont caractérisées par la dégradation de la cellulose et la chitine.
• Actinomycètes : Ce sont des bactéries filamenteuses hétérotrophes (Nocardia , Streptomyces et Micromonospora), le second genre est caractérisé par leur capacité à dégrader la matière organique difficilement décomposable, ce sont les producteurs actifs des antibiotiques et de vitamines, sont particulièrement efficaces dans la dégradation de la cellulose, la chitine, et la lignine.
2-Les champignons : Les champignons sont des organismes pluricellulaires, parfois unicellulaires, aérobie, plus résistants aux conditions difficiles. Leur Taille est très variable.
a- Les champignons filamenteux : moisissures ; qui sont présents dans les sols en proportions importantes, ils se développent à la surface et s'insèrent dans les couches superficielles par prolongement des cellules mycéliennes, ils possèdent un équipement enzymatique actif pour la dégradation de la cellulose et de la lignine (Aspergillus, Penicellium, Mucor, Trichoderma, Fusarium).
b- Les levures : ce sont des mycètes unicellulaires, leur présence est liée à la végétation et à la présence de matière organiques peu transformée (Saccharomyces, Crytococcus).
3- Les algues : tous les sols renferment des algues unicellulaires ou filamenteuses et certains d'entre elles sont typiquement terrestres, les groupes les plus courants sont des Chlorophycée et certaines diatomées qui sont particulièrement présent dans les milieux humides.
4- Les protozoaires : sont ubiquitaires, ils influencent le cycle des éléments nutritifs en se nourrissant des micro-organismes et ce processus donne des taux supérieurs de minéralisation ainsi que la disponibilité des nutriments pour la croissance végétale (Némathodes, Acariens).
5- Les virus : les virus du sol sont essentiellement pathogènes pour les végétaux, on peut trouver également des phages.